Mehmet Burak Taşkaya
Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Adayı
Bilkent Üniversitesi, Ankara · Danışman: Dr. Öğr. Üyesi Onur Çizmecioğlu
Hastalıkla ilişkili gen varyantlarının hücre işlevini nasıl etkilediğini böbrek epitel hücre hatlarında inceliyorum. RNA-seq ve metabolomik verilerini de R ve Python ile analiz ediyorum.
Güncel çalışmalar
Böbrek epitel hücrelerinde hastalıkla ilişkili varyantlar
Tezim, pediatrik böbrek gelişim bozukluklarıyla ilişkili iki genin işlevsel analizini konu alıyor.
Veri analizi
Doktora çalışmamda omik verileri de R/Bioconductor ve Python ile analiz ediyorum: RNA-seq analizi (Salmon, DESeq2), yolak zenginleştirme analizi (clusterProfiler, KEGG), metabolomik analiz (MetaboAnalystR) ve çoklu omik entegrasyonu.
Öğretim ve mentorluk
2025 ve 2026 bahar dönemlerinde MBG 338 Mikrobiyoloji Laboratuvarı dersinin asistanlığını yaptım. Laboratuvarda stajyerlere de rehberlik ediyorum.
Doktora öncesi
Sabancı Üniversitesi, Mayack Lab
Proje stajyeri
–Bal arılarında RNA ifade dinamikleri ve transkripsiyon sonrası düzenleme (Dr. Öğr. Üyesi Christopher Mayack).
Acıbadem Üniversitesi
Lisans, Moleküler Biyoloji ve Genetik
–Tam burs. Lisans araştırmaları ve stajlar:
- SARS-CoV-2 varyantlarının tükürük örneklerinde analizi ve mikrobiyom analizi (Prof. Dr. Uğur Sezerman);
- laboratuvarda bakteriyofaj kültürü, çoğunluk algılama (quorum sensing) ve biyofilm oluşumu çalışmaları (Doç. Dr. Erkan Mozioğlu);
- R ve Python ile protein ve amino asit veri tabanları üzerine çalışmalar ve bir protein kararlılığı tahmin algoritması (Prof. Dr. Emel Timuçin);
- Bezmialem Vakıf Üniversitesi'nde bir öğrenci stajı: çok ilaca dirençli tüberküloz üzerine in silico bir proje.